Program Pascasarjana ISI Yogyakarta bersifat lintas jurusan, sehingga di dalam strukturnya direktur bertanggungjawab langsung kepada Rektor.
Dr. Fortunata Tyasrinestu, M.Si.
Direktur Program Pascasarjana ISI Yogyakarta
Dr. Suwarno Wisetrotomo, M.Hum.
Asisten Dirtektur I Bidang Akademik
Dr. Prayanto Widyo Harsanto, M.Sn.
Asisten Dirtektur II Bidang Umum dan Keuangan.
Octavianus Cahyono Priyanto, Ph.D.
Ketua Program Studi Seni Program Doktor
Dr. Koes Yuliadi, M.Hum.
Ketua Program Studi Tata Kelola Seni Program Magister
Ika Nurcahyani, A.Md.
Kepala Subbagian Pendidikan dan Kemahasiswaan
Sarjiyo
Kepala Subbagian Umum dan Keuangan